Die Anlage ist so konzipiert, dass jeder Container einzeln per Hand oder automatisch gesteuert werden kann. Die Steuerung dient der geregelten Luft- und Wasserzuführung, der Visualisierung der Schaltzustände sowie der Abgastemperatur. Für die Einzelsteuerung vor Ort ist ein Logikmodul eingebaut, durch dessen Display auch die Visualisierung der Schaltzustände vor Ort erfolgt. Im seitlichen Anbau der Intensivrottehalle befindet sich eine Master SPS. Diese steuert über einen Profifeldbus die Logikmodule in den Schränken der einzelnen Rotteanlagen. Die zentrale Visualisierung und Bedienung erfolgt über Monitor, Maus und Tastatur. An den Abgasrohren befinden sich Analogthermometer zur Anzeige und Überwachung der Temperatur der Abluft. In den Wasserzuleitungen aller 6 Reihen befinden sich je ein Induktiver Durchflussmengenmesser und ein Hauptventil. Hiermit wird die Wasserzulaufmenge für jeden Container erfasst. Das Hauptventil dient der Erfassung von Störungen durch undichte Ventile usw.

Die Steuerung besitzt eine Schwellwertregelung. Beim Über- oder Unterschreiten individuell einstellbarer Temperaturwerte kann der Steuerungsablauf so gestaltet werden, dass die gewünschten Temperaturen eingehalten werden. Dies geschieht mit veränderter Wasserzugabe und veränderten Lüftungsparametern. Mittels eines separat aufgebauten PCs werden die Daten für jeden einzelnen Rottevorgang archiviert. Diese können über Datennetz oder USB ausgelesen werden. Die Stromversorgung der Master SPS erfolgt über eine Unterbrechungsfreie Spannungsversorgung um Computerabstürze durch kurzzeitige Stromausfälle zu vermeiden. Über den analogen Telefonanschluß kann die Zentralsteuerung per Fernwartung ausgelesen und gewartet werden.